Scientific Agent Skills

Установка

npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills

Это чужой код. Посмотрите файлы в репозитории перед установкой.

Что делает

Коллекция скиллов в формате Agent Skills, которая дает агенту проверенные рабочие процессы для научных Python-библиотек и баз данных. Есть скиллы для RDKit, Scanpy, BioPython, PyTorch Lightning, Qiskit, pymatgen, унифицированный database-lookup для 78 публичных баз (PubChem, UniProt, ClinicalTrials.gov и другие), интеграции с Benchling, Opentrons и LabArchives. Скиллы со скриптами покрыты тестами в CI.

Для кого. Ученым, биоинформатикам, аналитикам данных и лабораториям, которые используют агента для исследовательских вычислений.

Пример запроса к агенту

Загрузи мой h5ad-файл, проведи контроль качества и кластеризацию клеток в Scanpy и построй UMAP

Ограничения

Авторы предупреждают, что скиллы могут выполнять код, ставить пакеты и делать сетевые запросы, а часть сообщества проверена не так тщательно. Установка всей коллекции добавляет много постоянного контекста, рекомендуется ставить тематическое подмножество. Нужны Python и uv, на Windows только через WSL2. Клинические скиллы предназначены для исследований, а не для решений по пациентам.

Как отключить. Удалите папки ненужных скиллов из каталога skills агента или отключите плагин в клиенте. Для gh skill используйте управление установленными скиллами через gh skill.

Проверка безопасности

• Скиллы запускают Python-скрипты и ставят пакеты через uv
• Обращаются к внешним API и научным базам
• Часть скиллов добавлена сообществом и проверена не полностью

Коротко о README

Scientific Agent Skills (ранее Claude Scientific Skills) это 166 скиллов K-Dense для научных и исследовательских задач. Они охватывают геномику, открытие лекарств, протеомику, клинические исследования, медицинскую визуализацию, материаловедение, астрономию, геоданные и научную коммуникацию. Репозиторий также является пакетом Agent Plugins. Установка через npx skills, gh skill, плагины Cursor и Codex или ручное клонирование. Проект описан в статье arXiv:2609.00065 и содержит отдельный раздел о безопасности.

SKILL.md

---
name: biopython
description: Comprehensive molecular biology toolkit. Use for sequence manipulation, file parsing (FASTA/GenBank/PDB), phylogenetics, and programmatic NCBI/PubMed access (Bio.Entrez). Best for batch processing, custom bioinformatics pipelines, BLAST automation. For quick lookups use gget; for multi-service integration use bioservices.
allowed-tools: Read Write Edit Bash
compatibility: Requires Python 3.10+, NumPy, and Biopython. Entrez and web BLAST examples require network access; local BLAST/MUSCLE examples require those command-line tools installed separately.
license: Biopython License Agreement
metadata:
  version: "1.3"
  skill-author: K-Dense Inc.
  openclaw:
    envVars:
    - name: NCBI_EMAIL
      required: false
      description: Email for NCBI Entrez identification (required by NCBI policy for Entrez calls).
    - name: NCBI_API_KEY
      required: false
      description: NCBI API key to raise Entrez rate limits.
---

# Biopython: Computational Molecular Biology in Python

## Overview

Biopython is a comprehensive set of freely available Python tools for biological computation. It provides functionality for sequence manipulation, file I/O, database access, structural bioinformatics, phylogenetics, and many other bioinformatics tasks. The current version is **Biopython 1.87** (released 30 March 2026). It supports **Python 3.10-3.14** and PyPy3.10, and requires NumPy. Biopython 1.87 also addresses **CVE-2025-68463** in `Bio.Entrez.Parser` when parsing untrusted files, so prefer 1.87+ for workflows that parse externally supplied Entrez XML.

## When to Use This Skill

Use this skill when:

- Working with biological sequences (DNA, RNA, or protein)
- Reading, writing, or converting biological file formats (FASTA, GenBank, FASTQ, PDB, mmCIF, etc.)
- Accessing NCBI databases (GenBank, PubMed, Protein, Gene, etc.) via Entrez
- Running BLAST searches or parsing BLAST results
- Performing sequence alignments (pairwise or multiple sequence alignments)
- Analyzing protein structures from PDB files
- Creating, manipulating, or visualizing phylogenetic trees
- Finding sequence motifs or analyzing motif patterns
- Calculating sequence statistics (GC content, molecular weight, melting temperature, etc.)
- Performing structural bioinformatics tasks
- Working with population genetics data
- Any other computational molecular biology task

## Core Capabilities

Biopython is organized into modular sub-packages, each addressing specific bioinformatics domains:

1. **Sequence Handling** - Bio.Seq and Bio.SeqIO for sequence manipulation and file I/O
2. **Alignment Analysis** - Bio.Align and Bio.AlignIO for pairwise and multiple sequence alignments
3. **Database Access** - Bio.Entrez for programmatic access to NCBI databases
4. **BLAST Operations** - Bio.Blast for running and parsing BLAST searches
5. **Structural Bioinformatics** - Bio.PDB for working with 3D protein structures
6. **Phylogenetics** - Bio.Phylo for phylogenetic tree manipulation and visualization
7. **Advanced Features** - Motifs, population genetics, sequence utilities, and more

## Installation and Setup

Install the current stable Biopython release with an explicit version pin for reproducibility:

```bash
uv pip install "biopython==1.87"

Похожие