SkillFoxx
Telegram

tangermeme — скилл

Скилл Claude Code учит агента библиотеке tangermeme для анализа геномных нейросетей: DeepLIFT/SHAP, мутагенез, дизайн.

  • 333 ★ репозитория
  • Последний коммит
  • MIT
Скилл

Минимальный доступ

Почему такой уровень

  • Команда `tangermeme-install-skills` копирует файлы в домашнюю папку `~/.claude/skills/`.
  • Агент пишет код анализа, поэтому результаты на геномных данных проверяйте на небольшой выборке.
Все причины и проверки

jmschrei/tangermemeАвтор:jmschrei

Установка

Работает в

В терминале, через SkillFoxx CLI

npx skillfoxx add skills/tangermeme

Определит агенты на машине, покажет уровень доступа и зафиксирует версию.

Другие способы установки

Доступ и проверки

Как мы проверяем

Минимальный доступИнструмент ничего не запускает и не ходит в сеть.

  • Команда `tangermeme-install-skills` копирует файлы в домашнюю папку `~/.claude/skills/`.
  • Агент пишет код анализа, поэтому результаты на геномных данных проверяйте на небольшой выборке.

Это чужой код. Посмотрите файлы в репозитории перед установкой.

Что делает

Python-библиотека tangermeme разбирает, чему научилась нейросеть, предсказывающая функцию последовательности ДНК: считает атрибуции, ставит эксперименты с мотивами, оценивает эффект вариантов из VCF и подбирает последовательности. Вместе с пакетом идет скилл `tangermeme` для Claude Code. SKILL.md работает как маршрутизатор: по задаче он отправляет агента в нужный справочный файл с сигнатурами, умолчаниями и подводными камнями, например `deep_lift_shap` требует `target=` для многозадачных моделей. Дополнительно есть скрипт `audit_deeplift.py`, который находит операции модели без правил DeepLIFT.

Для кого. Биоинформатикам и исследователям геномного машинного обучения, которые анализируют обученные PyTorch-модели вместе с Claude Code.

Подходит, если

  • Для пиков нужно посчитать атрибуции DeepLIFT/SHAP.
  • Эффект мотива оценивают маргинализацией или абляцией.
  • Из VCF выбирают варианты и считают их эффект на предсказание.
  • Перед использованием незнакомой архитектуры проверяют, корректны ли атрибуции.

Не подходит, если

  • Задача не связана с геномными моделями на PyTorch.
  • Нужно обучить модель, а не анализировать обученную.
  • Нужен анализ без Python.

Пример запроса к агенту

Посчитай атрибуции DeepLIFT/SHAP для этих пиков и построй логотипы с найденными семплетами.

Ограничения

Скилл ставится в `~/.claude/skills/` отдельной командой после установки пакета и после обновления tangermeme требует повторного запуска с `--force`. Работает только для Claude Code. Сама библиотека не содержит моделей: модель нужно принести свою. Последний коммит в октябре 2026. Библиотека написана под моделей PyTorch для последовательностей и не заменяет знаний о геномике. Агент подсказывает вызовы и подводные камни, но выводы по биологии остаются за исследователем.

Как отключить. Удалите папку `~/.claude/skills/tangermeme`. Если использовали `CLAUDE_SKILLS_PATH`, уберите переменную из окружения.

Частые вопросы

Как установить скилл?

После `pip install tangermeme` выполните `tangermeme-install-skills`. Команда копирует скилл в `~/.claude/skills/tangermeme/` для всех проектов.

Можно ли не копировать файлы в домашнюю папку?

Да. Задайте `CLAUDE_SKILLS_PATH` значением `$(tangermeme-install-skills --print-path)`, и Claude Code прочитает скилл из пакета.

Что делает скрипт audit_deeplift.py?

Он перечисляет операции модели, для которых у DeepLIFT нет правил, и измеряет невязку сумм относительно масштаба выхода.

Сколько контекста занимает скилл?

Почти нисколько до использования: `SKILL.md` лишь указывает на справочные файлы, которые открываются по задаче.

Где описаны подробные примеры?

В документации на readthedocs, учебных ноутбуках и виньетках в репозитории.

Обсуждение

Вопросов и отзывов пока нет.

Скиллы

17 скиллов для вычислительной биологии: RNA-seq, одноклеточный анализ, структуры белков, докинг, литература и графики

СкиллРасширенный доступ75
Официальный

Скиллы NVIDIA для биологии и химии: агент предсказывает структуры белков, стыкует молекулы, проектирует белки и разбирает геномы

СкиллРасширенный доступ507

Ledidi проектирует минимальные правки ДНК, РНК и белков под нужный ответ модели; встроенный навык ведет агента по API.

СкиллМинимальный доступ119
Выбор редакции

Набор скиллов Google DeepMind для научных задач: доступ к биологическим и химическим базам, поиск литературы и структурная биология

СкиллРасширенный доступ3,5 тыс.

Около 200 скиллов для Claude Code по биоинформатике, химии и биостатистике: от анализа РНК-секвенирования до докинга молекул

СкиллРасширенный доступ388

Шаблон для аналитиков данных: AGENTS.md, CLAUDE.md и набор скиллов по Python, SQL, Polars и диагностике моделей.

СкиллМинимальный доступ115

Коротко о README

Библиотека описана в Nature Methods и закрывает вопрос, что делать с моделью после обучения. Скилл не раздувает контекст: справочные файлы читаются только по необходимости.

Бейдж для README

Сообщить о проблеме