tangermeme skill
Скилл Claude Code учит агента библиотеке tangermeme для анализа геномных нейросетей: DeepLIFT/SHAP, мутагенез, дизайн.
- 333 ★ on the repository
- Last commit
- MIT
Minimal access
Why this level
- Команда `tangermeme-install-skills` копирует файлы в домашнюю папку `~/.claude/skills/`.
- Агент пишет код анализа, поэтому результаты на геномных данных проверяйте на небольшой выборке.
Install
- Works in
In your terminal, with SkillFoxx CLI
npx skillfoxx add skills/tangermemeDetects the agents on your machine, shows the access level and pins the version.
Other ways to install
Access and checks
How we reviewMinimal accessThe tool runs nothing and makes no network calls.
- Команда `tangermeme-install-skills` копирует файлы в домашнюю папку `~/.claude/skills/`.
- Агент пишет код анализа, поэтому результаты на геномных данных проверяйте на небольшой выборке.
This is third-party code. Review the repository files before installing.
What it does
Python-библиотека tangermeme разбирает, чему научилась нейросеть, предсказывающая функцию последовательности ДНК: считает атрибуции, ставит эксперименты с мотивами, оценивает эффект вариантов из VCF и подбирает последовательности. Вместе с пакетом идет скилл `tangermeme` для Claude Code. SKILL.md работает как маршрутизатор: по задаче он отправляет агента в нужный справочный файл с сигнатурами, умолчаниями и подводными камнями, например `deep_lift_shap` требует `target=` для многозадачных моделей. Дополнительно есть скрипт `audit_deeplift.py`, который находит операции модели без правил DeepLIFT.
Who it is for. Биоинформатикам и исследователям геномного машинного обучения, которые анализируют обученные PyTorch-модели вместе с Claude Code.
Good fit when
- Для пиков нужно посчитать атрибуции DeepLIFT/SHAP.
- Эффект мотива оценивают маргинализацией или абляцией.
- Из VCF выбирают варианты и считают их эффект на предсказание.
- Перед использованием незнакомой архитектуры проверяют, корректны ли атрибуции.
Not a fit when
- Задача не связана с геномными моделями на PyTorch.
- Нужно обучить модель, а не анализировать обученную.
- Нужен анализ без Python.
Example request
Посчитай атрибуции DeepLIFT/SHAP для этих пиков и построй логотипы с найденными семплетами.Limitations
Скилл ставится в `~/.claude/skills/` отдельной командой после установки пакета и после обновления tangermeme требует повторного запуска с `--force`. Работает только для Claude Code. Сама библиотека не содержит моделей: модель нужно принести свою. Последний коммит в октябре 2026. Библиотека написана под моделей PyTorch для последовательностей и не заменяет знаний о геномике. Агент подсказывает вызовы и подводные камни, но выводы по биологии остаются за исследователем.
How to disable. Удалите папку `~/.claude/skills/tangermeme`. Если использовали `CLAUDE_SKILLS_PATH`, уберите переменную из окружения.
FAQ
Как установить скилл?
После `pip install tangermeme` выполните `tangermeme-install-skills`. Команда копирует скилл в `~/.claude/skills/tangermeme/` для всех проектов.
Можно ли не копировать файлы в домашнюю папку?
Да. Задайте `CLAUDE_SKILLS_PATH` значением `$(tangermeme-install-skills --print-path)`, и Claude Code прочитает скилл из пакета.
Что делает скрипт audit_deeplift.py?
Он перечисляет операции модели, для которых у DeepLIFT нет правил, и измеряет невязку сумм относительно масштаба выхода.
Сколько контекста занимает скилл?
Почти нисколько до использования: `SKILL.md` лишь указывает на справочные файлы, которые открываются по задаче.
Где описаны подробные примеры?
В документации на readthedocs, учебных ноутбуках и виньетках в репозитории.
Discussion
No questions or reviews yet.
Related
Skills17 skills for computational biology: RNA-seq, single-cell, protein structure, docking, literature and figures
NVIDIA BioNeMo Agent Toolkit: skills for life sciences
NVIDIA BioNeMo Agent Toolkit
NVIDIA skills for biology and chemistry: the agent predicts protein structures, docks molecules and designs proteins
Ledidi designs minimal edits to DNA, RNA and protein sequences for a target model output; its skill guides agents.
A Google DeepMind skill collection for science tasks: access to biology and chemistry databases, literature search and structural biology
Around 200 skills for Claude Code on bioinformatics, chemistry and biostatistics, from RNA-seq analysis to molecular docking
A template for data scientists: AGENTS.md, CLAUDE.md and skills for Python, SQL, Polars and model diagnostics.
README in short
Библиотека описана в Nature Methods и закрывает вопрос, что делать с моделью после обучения. Скилл не раздувает контекст: справочные файлы читаются только по необходимости.