BioMCP
biomcp
Один бинарь и единая грамматика команд к 70 биомедицинским источникам: PubMed, ClinVar, ClinicalTrials.gov, OncoKB. Режим MCP запускается командой serve
- 654 ★ репозитория
- Последний коммит
- MIT
Минимальный доступ
Почему такой уровень
- Не для клинических решений
- У источников свои правила использования
Установка
- Работает в
В терминале, через SkillFoxx CLI
npx skillfoxx add mcp/biomcpОпределит агенты на машине, покажет уровень доступа и зафиксирует версию.
Другие способы установки
Доступ и проверки
Как мы проверяемМинимальный доступИнструмент ничего не запускает и не ходит в сеть.
- Не для клинических решений
- У источников свои правила использования
Это чужой код. Посмотрите файлы в репозитории перед установкой.
Что делает
BioMCP объединяет 70 биомедицинских источников под одной грамматикой команд: PubMed, ClinVar, ClinicalTrials.gov, OncoKB и другие. Программа на Rust, версия 0.9.1 от 02.10.2026, лицензия MIT. Режим MCP включается командой `biomcp serve` или `docker run --rm -i ghcr.io/genomoncology/biomcp serve`, плагин ставится через `/plugin marketplace add genomoncology/biomcp`. Из PyPI нужно ставить `pip install biomcp-cli`, а не `biomcp`: на это README указывает отдельно.
Для кого. Для исследователей, биоинформатиков и врачей-исследователей, которые ищут статьи, варианты и клинические исследования из агента.
Подходит, если
- Нужен поиск по PubMed и ClinicalTrials.gov из агента
- Нужны данные о генетических вариантах из ClinVar
- Нужна единая команда ко многим биомедицинским базам
Не подходит, если
- Нужны решения для лечения: сервис не для клинических решений
- Нужна коммерческая работа без проверки правил источников
Пример запроса к агенту
Найди клинические исследования по мутации BRAF V600E за последние два года и покажи, какие статьи PubMed на них ссылаютсяMCP
- Транспорт
- stdio
- Авторизация
- не нужна
Ограничения
BioMCP отдает данные научных баз и не подходит для клинических решений: не принимайте по ним решения о лечении. У каждого источника свои правила, и часть из них ограничивает коммерческое и клиническое использование: прочитайте их до работы. Доступ минимальный: публичные данные, ключи нужны не везде. Из PyPI ставьте biomcp-cli.
Как отключить. Удалите запись сервера из клиента и программу тем способом, которым ставили: Homebrew, pip или Docker.
Частые вопросы
Какие источники подключены?
70 биомедицинских источников, среди них PubMed, ClinVar, ClinicalTrials.gov и OncoKB.
Какой пакет брать из PyPI?
pip install biomcp-cli, а не biomcp: на это указывает README.
Можно ли принимать решения о лечении?
Нет, сервис не для клинических решений.
Обсуждение
Вопросов и отзывов пока нет.
Похожие
MCP-серверыMCP-сервер для поиска и загрузки научных статей из arXiv, PubMed, bioRxiv, Semantic Scholar и других открытых источников
Официальный MCP-сервер векторной базы Chroma: коллекции, документы, семантический и полнотекстовый поиск
Подключает библиотеку Zotero к Claude и другим агентам: поиск статей, аннотации, ссылки и семантический поиск по смыслу
MCP-сервер и CLI для генерации научных схем, диаграмм и графиков из текста статьи или данных
Colab MCP
colab-mcp
Официальный MCP-сервер Google Colab: связывает локального агента с сессией Colab в браузере, чтобы выполнять код на ее ресурсах
DB MCP Server
db-mcp-server
Сервер MCP для нескольких баз данных с защитой: режим только чтения по каждой базе и ограничение числа строк. Написан на Go, запуск в Docker
Коротко о README
README описывает единый бинарь с грамматикой команд к 70 биомедицинским источникам, режим MCP и установку через pip, Homebrew и Docker. Лицензия MIT.