ToolUniverse — плагин

Q: Что делают четыре инструмента MCP-сервера?

Это find_tools, list_tools, get_tool_info и execute_tool: поиск по теме, перечень, описание и запуск нужного инструмента. Режим уменьшает объем в контексте: вместо тысячи описаний агент держит четыре и подгружает остальное по запросу.

Плагин для Claude Code и MCP-сервер: более 1000 научных инструментов для биологии, химии и медицины, команды для сверки данных и скиллы-маршрутизаторы

1 764 ★ репозитория
Последний коммит 26 окт. 2026
Apache-2.0

Плагин

mims-harvard/tooluniverseАвтор:Mims Harvard (лаборатория Зитник)

Установка

Работает в: Claude Code
Claude Desktop

В терминале, через SkillFoxx CLI

npx skillfoxx add plugins/tooluniverse

Определит агенты на машине, покажет уровень доступа и зафиксирует версию.

Другие способы установки

Доступ и проверки

Как мы проверяем

Широкий доступИнструмент может менять данные, выполнять команды или работать с секретами.

Сервер запускается через uvx и выполняет код пакета, а скрипты анализа вызывают Python и R на ваших файлах
Хук старта сессии удаляет папки скиллов tooluniverse-* из домашнего каталога Claude, если они остались от старой установки
Запросы с названиями генов, препаратов и образцов уходят внешним поставщикам данных, ключи сохраняются в файл .env

Это чужой код. Посмотрите файлы в репозитории перед установкой.

Что делает

ToolUniverse — проект лаборатории Зитник из Гарварда, который открывает агенту более 1000 научных инструментов: базы данных, интерфейсы и пакеты для генетики, химии, медицины и анализа данных. Через MCP-сервер агент получает четыре точки входа: поиск инструмента по теме, список, описание и запуск. Запросы уходят к внешним поставщикам вроде UniProt, PubMed, openFDA, ChEMBL и ClinicalTrials.gov, а сам сервер работает на вашем компьютере. Плагин для Claude Code подключает этот сервер через uvx и добавляет скилл-маршрутизатор. Если рядом лежат таблицы счетчиков, файлы VCF, FASTA или h5ad, маршрутизатор определяет тип анализа и передает задачу профильному скиллу: дифференциальная экспрессия, обогащение путей, статистическое моделирование, варианты, филогенетика, одиночные клетки. Если рядом есть выполненный блокнот Jupyter, сначала читаются его результаты. Отдельные команды закрепляют порядок работы: сопоставление идентификаторов между базами, проверка утверждения по трем независимым источникам, сравнение нескольких объектов, обзор литературы по PubMed, Europe PMC и Semantic Scholar, самопроверка работы и настройка ключей. Агент researcher выполняет такое исследование в отдельном контексте и возвращает один итог. Для скриптов есть консольная команда `tu` и пакет на Python.

Для кого. Для биоинформатиков, исследователей в медицине и химии и аналитиков, которые хотят вести поиск по научным базам и разбор данных прямо из Claude Code.

Подходит, если

Нужно по названию гена найти идентификаторы в UniProt, Ensembl, NCBI и ChEMBL и свести их в одну таблицу
Есть таблица счетчиков и описание образцов, и нужна дифференциальная экспрессия с готовым маршрутом анализа
Перед публикацией надо проверить утверждение по трем независимым базам и увидеть, где источники расходятся
Нужен быстрый обзор литературы по теме с удалением повторов и порядком чтения
Агент должен сам находить нужный научный инструмент среди тысячи, не загружая их все в контекст

Не подходит, если

На Mac с чипом Apple Silicon стоит macOS 13 или старше: инструменты векторного поиска требуют macOS 14
Нужны локальные модели или графики без дополнительных наборов: базовая установка покрывает только инструменты на интерфейсах баз
Нельзя отправлять названия генов, препаратов и идентификаторы образцов внешним поставщикам данных: запросы к базам уходят в сеть
Нужен только поиск по PubMed и ClinicalTrials.gov в одном бинарнике, для этого в каталоге есть BioMCP

Пример запроса к агенту

Найди у гена EGFR идентификаторы в UniProt, Ensembl и ChEMBL, затем покажи известные мутации устойчивости к препаратам и сверь их минимум по трем базам

Ограничения

Плагину нужен uv: он запускает сервер через uvx, без него инструменты не появятся, и при старте сессии выводится напоминание. Для пакета нужен Python 3.10 или новее, системный pip на свежем Mac отказывается ставить пакет из-за защиты окружения, поэтому автор советует uv.

Базовая установка покрывает инструменты на интерфейсах баз. Локальные модели, химинформатика и графики требуют дополнительных наборов, например `tooluniverse[all]`; наборы pdf, singlecell, smolagents, client и build в него не входят. Какие наборы не хватает, показывает команда `tooluniverse-doctor`.

Многие инструменты работают без ключей, но часть баз просит свой ключ, например OncoKB для академических пользователей. Ключи хранятся в файле `.env` в `~/.tooluniverse` или в папке проекта.

Копия в каталоге расширений Claude Desktop устарела и не запускается, автор предлагает обходные установки из README.

При старте сессии плагин один раз удаляет папки tooluniverse-*, create-tooluniverse-skill и setup-tooluniverse из `~/.claude/skills`, если они остались от прежней установки.

Как отключить. Отключите или удалите плагин tooluniverse через меню /plugin в Claude Code и перезапустите программу. Если сервер добавлен в конфигурацию MCP вручную, удалите запись tooluniverse. Ключи остаются в `.env` в `~/.tooluniverse` или в папке проекта: удалите файл сами.

Частые вопросы

Что делают четыре инструмента MCP-сервера?

Это `find_tools`, `list_tools`, `get_tool_info` и `execute_tool`: поиск по теме, перечень, описание и запуск нужного инструмента. Режим уменьшает объем в контексте: вместо тысячи описаний агент держит четыре и подгружает остальное по запросу.

Куда уходят мои запросы?

Аргументы вызова отправляются поставщику данных, который обслуживает инструмент: название белка уйдет в UniProt, название препарата в openFDA. Сервер работает у вас, а проект не собирает телеметрию, аналитику и данные разговоров. Ключи уходят только тому сервису, которому принадлежат.

Чем команда cross-validate отличается от обычного вопроса?

Она заставляет агента проверить утверждение минимум по трем независимым базам и показать согласие по каждому источнику. Обычный вопрос обходится одним ответом, а здесь расхождения видны сразу.

Когда лучше агент researcher, а когда команда research?

Команда research ведет исследование в вашем чате: каждый шаг виден, можно перебить и уточнить. Агент researcher работает в отдельном контексте и возвращает один итог. Он подходит, когда промежуточные вызовы не должны засорять основную беседу.

Как работать с большим числом генов или соединений?

Для пяти и более вызовов в цикле автор советует Python-пакет вместо `tu run` в цикле оболочки: реестр инструментов загружается один раз, и каждый вызов не тратит время на запуск.

Работает ли проект с моделями кроме Claude?

Автор называет совместимость с Claude, GPT, Gemini, Qwen, Deepseek и открытыми моделями. Готовый плагин с командами и агентом рассчитан на Claude Code, для остальных подключается MCP-сервер или Python-пакет.

Обсуждение

Вопросов и отзывов пока нет.

Плагины

Life Sciences — маркетплейс Anthropic для Claude Code

Life Sciences Marketplace

Официальный

Официальный маркетплейс плагинов Anthropic для биологии и медицины: PubMed, BioRender, Synapse, ChEMBL, ClinicalTrials.gov и скиллы для анализа данных

ПлагинРасширенный доступ632

ClaudeR

MCP-сервер подключает Claude Code и Codex к открытой сессии R или Python в RStudio и Positron, где лежат ваши данные

MCP-серверШирокий доступ359

Science Skills

Выбор редакции

Набор скиллов Google DeepMind для научных задач: доступ к биологическим и химическим базам, поиск литературы и структурная биология

СкиллРасширенный доступ3,4 тыс.

BioMCP

biomcp

Один бинарь и единая грамматика команд к 70 биомедицинским источникам: PubMed, ClinVar, ClinicalTrials.gov, OncoKB. Режим MCP запускается командой serve

MCP-серверМинимальный доступ668

Zotero MCP

Подключает библиотеку Zotero к Claude и другим агентам: поиск статей, аннотации, ссылки и семантический поиск по смыслу

MCP-серверРасширенный доступ5,6 тыс.

Paper Search MCP

MCP-сервер для поиска и загрузки научных статей из arXiv, PubMed, bioRxiv, Semantic Scholar и других открытых источников

MCP-серверРасширенный доступ3 тыс.

Сравнение с похожими

Записи с тем же главным запросом: чем они отличаются.

Запись	Официальный	Авторизация	Звезды репозитория	Главное отличие
ToolUniverse (эта запись)	нет	не нужна	1 764
BioMCP	нет	не нужна	668	один бинарь с единой грамматикой команд к 70 биомедицинским источникам, режим MCP запускается командой serve
Life Sciences — маркетплейс Anthropic для Claude Code	да		632	маркетплейс Anthropic с 21 плагином для биологии и медицины, каждый подключается отдельно
OmopHub MCP	да	API-ключ		справочник медицинских кодов для агента

Коротко о README

Описание проекта открывается способами установки: поручить агенту прочитать страницу настройки, добавить сервер в конфигурацию MCP, поставить плагин для Claude Code одной парой команд или подключить Python-пакет. Дальше перечислены возможности: протокол обмена между моделью и инструментами, MCP-сервер, асинхронные задачи, композиция инструментов, компактный режим, консольная команда, набор готовых исследовательских скиллов, объединенный поиск литературы и двухуровневый кэш результатов. В репозитории лежат документация, тесты, сравнительные замеры BixBench и LAB-Bench, примеры проектов на ToolUniverse, политика конфиденциальности и ссылка на статью в arXiv.

Бейдж для README

Исходный SKILL.md

---
name: tooluniverse
description: "ToolUniverse plugin router. STEP 1 BEFORE ANY ANALYSIS: if the data folder contains `*_executed.ipynb`, run `tu run read_executed_notebook ...` to extract its cell outputs and apply EVERY filter/sample-exclusion the notebook used. STEP 2 routing: pick a sub-skill name from the exact list (tooluniverse-rnaseq-deseq2, tooluniverse-gene-enrichment, tooluniverse-statistical-modeling, tooluniverse-image-analysis, tooluniverse-epigenomics, tooluniverse-sequence-analysis, tooluniverse-variant-analysis, tooluniverse-phylogenetics, tooluniverse-single-cell, tooluniverse-crispr-screen-analysis, tooluniverse-proteomics-analysis)."
when_to_use: "Activate when the user provides data files to analyze, asks about differential expression, runs statistical tests on clinical data, performs variant analysis, does pathway enrichment, builds phylogenetic trees, or asks any scientific research question."
paths: "*.csv,*.xlsx,*.tsv,*.vcf,*.fa,*.fasta,*.faa,*.h5ad,*.rds,*.bam"
---

# ToolUniverse Router

## FIRST ACTION: Route to a Specialized Skill

**BEFORE doing anything else** scan the routing table below and invoke the matching skill. The specialized skill contains critical domain conventions that you will get wrong without loading.

Сообщить о проблеме