OmopHub MCP

Установка

Работает в

• Claude Code
• Claude Desktop
• Cursor
• VS Code
• Windsurf
• SourceCraft
• Koda
• Coddy

Ручная установка

claude mcp add omophub --transport http -H "Authorization: Bearer oh_your_key_here" https://mcp.omophub.com

Что делает

OmopHub MCP дает агенту справочник медицинской терминологии OHDSI. По названию или коду он находит концепт OMOP, переводит его в код другого словаря и поднимается или спускается по иерархии. Словари включают SNOMED CT, ICD-10, RxNorm, LOINC и другие, а общий объем разработчик оценивает в 11 млн концептов и 120 с лишним словарей. Сервер открывает 11 инструментов. Искать концепты можно по названию или синониму через search_concepts и по смыслу через semantic_search: запрос на обычном языке находит клинический термин. find_similar_concepts подбирает близкие концепты, get_concept и get_concept_by_code возвращают карточку по идентификатору или по коду словаря. map_concept переводит концепт в другие словари, get_hierarchy показывает предков и потомков, explore_concept собирает карточку, иерархию и соответствия за один вызов, а list_vocabularies выводит доступные словари. Пара fhir_resolve и fhir_resolve_codeable_concept определяет по значению FHIR стандартный концепт OMOP и целевую таблицу модели CDM. Это справочник для разработки. Сервер возвращает коды, названия и связи между словарями, данных пациентов в нем нет, а клинических решений он не принимает.

Для кого. Для инженеров данных, аналитиков и разработчиков, которые строят ETL в модель OMOP, собирают наборы концептов для когорт или сверяют коды в Claude Code, Cursor, VS Code и Windsurf.

Пример запроса к агенту

Найди концепт OMOP для сахарного диабета 2 типа, покажи всех потомков в SNOMED CT и сопоставь коды с ICD-10, затем собери из них набор концептов для когорты

MCP

Транспорт

http, stdio

Авторизация

API-ключ

Ограничения

OmopHub MCP годится для терминологии при разработке и не заменяет клиническую экспертизу: на его ответах нельзя строить решения о лечении конкретного человека.

Нужен ключ API из кабинета OMOPHub. Оба способа подключения отправляют запросы на серверы OMOPHub: облачный сервер mcp.omophub.com принимает ключ в заголовке, а пакет через npx по умолчанию обращается к api.omophub.com. Не вставляйте в запросы персональные данные пациентов. Объем вызовов ограничен тарифом, а аналитические заголовки пакета отключаются переменной OMOPHUB_ANALYTICS_OPTOUT.

map_concept возвращает одну страницу за вызов, поэтому для полного набора кодов продолжайте, пока в ответе has_more не станет false. Интерфейс Custom Connectors в Claude Desktop принимает только OAuth и заголовок с ключом не передает, поэтому там нужен запуск через npx. Доступность сервиса из России не проверена.

Как отключить. Уберите сервер omophub из настроек агента: в Claude Code командой claude mcp remove omophub, в остальных клиентах удалите блок omophub в файле конфигурации. Ключ из конфигурации и переменной окружения OMOPHUB_API_KEY тоже удалите, а ненужный ключ уберите в кабинете OMOPHub.

Коротко о README

Документация ведет от ключа в кабинете к настройке клиента: Claude Desktop, Claude Code, Cursor, VS Code, облачный адрес, локальный HTTP и Docker. Дальше идут таблица инструментов и примеры запросов, от поиска и сопоставления кодов до сборки набора концептов. Отдельно сервер отдает ресурс omophub://vocabularies и два готовых промпта, phenotype-concept-set и code-lookup.