Open Targets Platform MCP
Официальный MCP-сервер Open Targets: агент ищет гены, заболевания и препараты и запрашивает связи мишеней с болезнями
- 37 ★ репозитория
- Последний коммит
- Apache-2.0
Расширенный доступ
Почему такой уровень
- Запросы уходят на внешний API Open Targets, и сторонний сервис видит названия генов, заболеваний и препаратов из ваших вопросов
Установка
- Работает в
В терминале, через SkillFoxx CLI
npx skillfoxx add mcp/open-targets-platform-mcpОпределит агенты на машине, покажет уровень доступа и зафиксирует версию.
Другие способы установки
Доступ и проверки
Как мы проверяемРасширенный доступИнструмент запускает код или ходит в сеть, а внешние данные только читает.
- Запросы уходят на внешний API Open Targets, и сторонний сервис видит названия генов, заболеваний и препаратов из ваших вопросов
Это чужой код. Посмотрите файлы в репозитории перед установкой.
Что делает
MCP-сервер Open Targets, платформы данных о связях мишеней и заболеваний для поиска лекарств. Агент ходит в GraphQL API платформы: ищет гены, заболевания, препараты, варианты и исследования, переводит названия в стандартные идентификаторы (ENSEMBL, EFO и MONDO, ChEMBL) и выполняет запросы. Инструментов пять. `get_open_targets_graphql_schema` отдает подсхему по категории, `get_type_dependencies` возвращает фрагмент SDL со всеми зависимыми типами, `search_entities` находит идентификаторы, `query_open_targets_graphql` выполняет запрос, `batch_query_open_targets_graphql` прогоняет один запрос с разными параметрами. Схема кэшируется при старте сервера. Необязательный фильтр jq на стороне сервера оставляет в ответе только нужные поля и экономит токены. Подключаться можно к размещенному серверу Open Targets или запустить свой через `uvx` или Docker.
Для кого. Биоинформатикам и исследователям лекарств, которые подбирают мишени и проверяют связи гена с заболеванием.
Подходит, если
- Нужен список мишеней, связанных с раком молочной железы, вместе с ассоциациями
- Ген назван по символу, например BRCA2, а агенту нужен его идентификатор ENSEMBL
- Препарат ищется по названию, и по нему нужны механизмы действия
- Один запрос надо выполнить для сотни генов, и пакетный инструмент сэкономит вызовы
- Ответы API велики, и фильтр jq оставляет только символ гена и идентификатор
Не подходит, если
- Результат идет в клинические решения: проект назван экспериментальным, функции и API меняются без предупреждения
- Данные нужны не из Open Targets: сервер работает только с его GraphQL API
- Нужна работа без сети: размещенный сервер и локальный запуск обращаются к API платформы
Пример запроса к агенту
Найди ген BRCA2 в Open Targets и покажи пять заболеваний с самой сильной ассоциацией.MCP
- Транспорт
- http, stdio
- Авторизация
- не нужна
Переменные окружения
OTP_MCP_TRANSPORT- Транспорт: `stdio` или `http`, по умолчанию `http`.
OTP_MCP_JQ_ENABLED- Значение `true` включает фильтр jq.
OTP_MCP_API_ENDPOINT- Адрес GraphQL API Open Targets.
Ограничения
Проект экспериментальный: функции, API и документация меняются без предупреждения. Размещенный сервер доступен по адресу `https://mcp.platform.opentargets.org/mcp`, а локальный запуск тоже обращается к API платформы с таймаутом 30 секунд. Локальный сервер по умолчанию стартует по HTTP на `localhost:8000`, для stdio задают `--transport stdio`. Фильтр jq выключен и включается флагом `--jq`. Локальная установка требует Python 3.11 или новее и менеджер пакетов uv.
Как отключить. Удалите сервер из MCP-конфигурации клиента. Локальный процесс останавливают, контейнер Docker удаляют командой `docker rm -f`.
Частые вопросы
Как подключить Open Targets Platform MCP к Claude Desktop?
Проще всего удаленный сервер: добавьте его как пользовательский коннектор по адресу `https://mcp.platform.opentargets.org/mcp`. Для локального запуска в конфигурацию кладут блок `otp-mcp` с командой `uv run --directory <путь> otp-mcp --transport stdio`.
Нужен ли ключ API?
В описании ключ не упоминается. Размещенный сервер и локальный запуск обращаются к открытому GraphQL API Open Targets, настройки задают переменные с префиксом `OTP_MCP_`.
Как запустить сервер локально?
Командой `uvx --from git+https://github.com/opentargets/open-targets-platform-mcp otp-mcp`. Он стартует по HTTP на `localhost:8000`. Для Docker есть образ `ghcr.io/opentargets/open-targets-platform-mcp`.
Что даст фильтр jq?
Флаг `--jq` добавляет инструментам запросов параметр `jq_filter`, и сервер обрезает ответ до нужных полей, например `.data.target | {id, symbol: .approvedSymbol}`. Это сокращает расход токенов на больших ответах.
Какие инструменты есть у сервера?
Пять: `get_open_targets_graphql_schema`, `get_type_dependencies`, `search_entities`, `query_open_targets_graphql` и `batch_query_open_targets_graphql`. Схему лучше запросить первой, затем найти идентификаторы и выполнить запрос.
Обсуждение
Вопросов и отзывов пока нет.
Похожие
MCP-серверыMCP-сервер от проекта OpenSearch открывает агенту кластер: индексы, маппинги, поиск по DSL и состояние шардов.
Medical MCP
medical-mcp
MCP-сервер медицинских источников: лекарства FDA и EMA, статистика WHO, PubMed и клинические испытания без ключей API.
Плагин для Claude Code и MCP-сервер: более 1000 научных инструментов для биологии, химии и медицины, команды для сверки данных и скиллы-маршрутизаторы
BioMCP
biomcp
Один бинарь и единая грамматика команд к 70 биомедицинским источникам: PubMed, ClinVar, ClinicalTrials.gov, OncoKB. Режим MCP запускается командой serve
pgEdge Postgres MCP
pgEdge Postgres MCP Server
Postgres MCP на Go с запросами в режиме чтения, планами EXPLAIN, поиском по смыслу, несколькими базами, чат-клиентом и веб-интерфейсом
Elasticsearch MCP подключает несколько поисковых кластеров: агент выбирает цель запроса по имени и работает в пределах доступа.
Коротко о README
Репозиторий описывает сервер как официальный, называет два способа запуска (размещенный и локальный) и перечисляет настройки с префиксом `OTP_MCP_`. Отдельный раздел объясняет трехшаговую стратегию запросов: схема, поиск идентификаторов, выполнение.