Motif — плагин
Среда молекулярной биологии для Codex и Claude Science: последовательности ДНК, РНК и белков, выравнивания, результаты.
- 51 ★ репозитория
- Последний коммит
- MIT
Расширенный доступ
Почему такой уровень
- Плагин запускает локальный MCP-сервер и читает файлы последовательностей, которые вы передаете.
- Созданный HTML содержит данные открытым текстом.
Установка
- Работает в
Ручная установка
codex plugin add motif-for-claude-science@motif-localСначала соберите локальный маркетплейс: `npm ci --ignore-scripts`, `npm run build:codex-marketplace`, затем `codex plugin marketplace add "$PWD/.motif/codex-marketplace"`.
Доступ и проверки
Как мы проверяемРасширенный доступИнструмент запускает код или ходит в сеть, а внешние данные только читает.
- Плагин запускает локальный MCP-сервер и читает файлы последовательностей, которые вы передаете.
- Созданный HTML содержит данные открытым текстом.
Это чужой код. Посмотрите файлы в репозитории перед установкой.
Что делает
Motif открывает и анализирует записи ДНК, РНК и белков, аннотации, выравнивания, сравнения и клонирование прямо в сессии агента. Ядро среды — самодостаточная HTML-страница, которая работает отдельно или открывается через ИИ-клиент. Среда поддерживает карты и аннотации, треки секвенирования по Сэнгеру, происхождение данных, контрольные точки и переносимый экспорт. Есть три способа использовать. Переносимая HTML-среда нужна для локального просмотра и обмена без интеграции. Плагин Codex только со скиллами создает такие среды из Codex. Полный локальный плагин Codex, как и адаптер Claude Science, открывает интерактивное приложение через локальный MCP-сервер. Инструменты `motif_open_workbench` и `motif_create_workbench_artifact` открывают среду или возвращают переносимый HTML.
Для кого. Биологам и биоинформатикам, которые работают с последовательностями вместе с агентом и хотят интерактивно просматривать результаты.
Подходит, если
- Агент должен открыть файл FASTA или GenBank и показать записи с аннотациями.
- Нужно выровнять и сравнить последовательности и поделиться результатом переносимым HTML.
- Проверить конструкцию для клонирования, например сборку Golden Gate.
- Просмотреть трассы Сэнгера рядом с последовательностью.
Не подходит, если
- Нужен лабораторный или клинический вывод с гарантированной точностью.
- Данные нельзя помещать в незашифрованный HTML-файл.
- Нет Node.js нужной версии для сборки плагина.
Пример запроса к агенту
Открой файл plasmid.gb в Motif, покажи аннотации и выровняй его с эталонной последовательностью.Ограничения
Для полного плагина Codex нужны Codex Desktop или CLI с поддержкой `codex plugin`, Node.js 22.13 и новее на ветке 22 либо Node.js 24, а также доверенная копия репозитория в стабильной папке. Плагин собирается локально, а установка идет отдельными командами, которые меняют конфигурацию. Созданный HTML-файл не зашифрован и содержит переданные записи, делитесь им только осознанно. Результаты анализа требуют проверки специалистом.
Как отключить. Удалите плагин командами управления плагинами Codex и локальную папку `.motif/codex-marketplace`. Созданные HTML-файлы удаляются вручную.
Частые вопросы
Как поставить полный плагин в Codex?
Соберите маркетплейс командой `npm run build:codex-marketplace`, затем выполните `codex plugin marketplace add` с путем к `.motif/codex-marketplace` и `codex plugin add motif-for-claude-science@motif-local`.
Почему идентификатор содержит Claude Science?
Идентификатор `motif-for-claude-science` сохранен для совместимости, а в интерфейсе плагин называется Motif.
Чем отличается версия только со скиллами?
Она создает самодостаточный HTML без локального коннектора и MCP-приложения. Полный плагин дополнительно открывает интерактивную среду.
Что проверяет команда doctor?
`npm run codex:doctor:marketplace` проверяет целостность пакета, делает настоящее рукопожатие MCP и отправляет небольшой синтетический FASTA-запрос.
Какие данные попадают в созданный HTML?
Переданные записи полностью. Файл не шифруется, поэтому делитесь им только с теми, кому можно показать эти данные.
Обсуждение
Вопросов и отзывов пока нет.
Похожие
ПлагиныDataMind дает Codex общий слой данных: база знаний, SQL, граф и память с подтверждением каждой записи.
Плагин для Claude Code и MCP-сервер: более 1000 научных инструментов для биологии, химии и медицины, команды для сверки данных и скиллы-маршрутизаторы
Плагин Dex: агент изучает базу, строит модели dbt и семантический слой и следит за дрейфом схем с контролем затрат
43 скилла для Claude Code по циклу исследования: опросы, эксперименты, тематические модели, отчетность и вычитка рукописей
MCP-сервер научных агентов: Claude Code анализирует спектры и снимки, планирует опыты и готовит расчеты DFT
SciAgent-Skills — скиллы по биоинформатике
SciAgent-Skills
Около 200 скиллов для Claude Code по биоинформатике, химии и биостатистике: от анализа РНК-секвенирования до докинга молекул
Коротко о README
Репозиторий содержит портативную HTML-среду, два плагина Codex и адаптер Claude Science. Документация включает руководства по быстрому старту, возможностям и безопасности.