SciLink MCP
MCP-сервер научных агентов: Claude Code анализирует спектры и снимки, планирует опыты и готовит расчеты DFT
- 99 ★ репозитория
- Последний коммит
Широкий доступ
Почему такой уровень
- Сервер исполняет код, который пишет модель, на машине с вашими данными
- Ключ модели хранится на стороне сервера, а транспорт SSE не проверяет, кто к нему подключился
Установка
- Работает в
Ручная установка
pip install scilink && scilink serve --print-mcp-json --mode both --session-dir ~/scilink_sessions/mycampaignКоманда печатает запись MCP без секретов, ее добавляют в `.mcp.json` или через `claude mcp add scilink -- <команда>`. Ключ модели кладут в `~/.scilink/credentials.env`.
Доступ и проверки
Как мы проверяемШирокий доступИнструмент может менять данные, выполнять команды или работать с секретами.
- Сервер исполняет код, который пишет модель, на машине с вашими данными
- Ключ модели хранится на стороне сервера, а транспорт SSE не проверяет, кто к нему подключился
Это чужой код. Посмотрите файлы в репозитории перед установкой.
Что делает
SciLink запускает цикл исследования для материаловедения и химии: планирование опытов, анализ данных и моделирование. Главный агент, «пульт управления», раздает задачу специалистам и связывает их результаты: выводы анализа попадают в план следующего эксперимента, а данные нового опыта возвращаются на анализ. Агенты анализа работают со снимками микроскопии, спектрами (XPS, Raman, NMR, EELS) и гиперспектральными кубами. Они пишут код, выполняют его и проверяют результат, а проверенный рецепт применяют ко всей серии файлов. Агенты планирования строят гипотезы и протоколы с байесовской оптимизацией, агенты моделирования готовят структуры и входные файлы DFT и молекулярной динамики. Через MCP SciLink работает в двух направлениях. Команда `scilink serve` открывает его инструменты для Claude Code, Claude Desktop, VS Code Copilot и собственных агентов, а флаг `--mcp` подключает к нему внешние серверы: приборы, базы данных, роботов-манипуляторов. Для чтения и правки есть веб-интерфейс `scilink ui` и терминальная оболочка `scilink`, а каждый запуск оставляет HTML-отчет.
Для кого. Исследователям в материаловедении и химии, которые хотят вести анализ данных и планирование опытов из Claude Code или другого агента.
Подходит, если
- Серию спектров надо подогнать единым проверенным рецептом и получить таблицу признаков
- Следующую точку эксперимента подсказывает байесовская оптимизация по результатам анализа
- Для расчета адсорбции или дефектов нужны готовые входные файлы VASP
- Утвержденный план опыта превращают в протокол для жидкостного робота через внешний MCP-сервер
Не подходит, если
- Задача лежит вне материалов и химии: специализированные навыки собраны под эти области
- Нельзя запускать код, написанный моделью, на машине с данными: сервер выполняет его у себя
- Нужен готовый расчетный пакет с гарантированным результатом: агенты моделирования еще разрабатываются
Пример запроса к агенту
Подгони полосы продукта и побочного продукта во всех спектрах UV-Vis из папки data и предложи следующие температуру и pH для максимальной селективностиMCP
- Транспорт
- stdio, sse
- Авторизация
- не нужна
Переменные окружения
ANTHROPIC_API_KEYобязательная, секрет- Ключ модели, подойдет и OPENAI_API_KEY или GEMINI_API_KEY. Хранится в `~/.scilink/credentials.env` на стороне сервера.
Ограничения
Для работы нужен ключ модели (Anthropic, OpenAI, Gemini или совместимый прокси), его хранят в `~/.scilink/credentials.env` на стороне сервера. Требуется Python 3.12 или новее. Сервер выполняет код, который пишет модель, поэтому его советуют запускать в контейнере или виртуальной машине. Транспорт SSE не проверяет доступ, адрес держат на `127.0.0.1` или за проксирующим сервером с проверкой. Один сервер ведет одну кампанию, у каждой своя папка сессии. Агенты моделирования в README названы разрабатываемыми, а продвинутая сегментация требует отдельной установки SAM. Проект создан в Тихоокеанской северо-западной национальной лаборатории, подробности есть в заявлении об отказе от ответственности.
Как отключить. Выполните `claude mcp remove scilink` или удалите запись из `.mcp.json`, остановите процесс `scilink serve`. Пакет снимает команда `pip uninstall scilink`, а сохраненные сессии и память лежат в папках сессий и в `~/.scilink/`.
Частые вопросы
Как подключить SciLink к Claude Code?
Выполните `scilink serve --print-mcp-json`, чтобы получить запись без секретов, и добавьте ее в `.mcp.json` в корне проекта или командой `claude mcp add scilink -- <команда>`. Ключ модели лежит в `~/.scilink/credentials.env` на стороне сервера.
Какие режимы у сервера?
Флаг `--mode` выбирает набор инструментов: `analyze` для анализа данных, `plan` для планирования и оптимизации, `both` по умолчанию, `simulate` для моделирования и `meta` с единым маршрутизатором. Берите самый узкий режим под задачу.
Какой уровень самостоятельности у агента?
Три: Co-Pilot проверяет каждый шаг вместе с вами, Autopilot просит подтвердить главные решения, Autonomous работает без участия человека. Меняется только то, кто принимает результат.
Что делает SciLink с внешними серверами MCP?
Подключает их инструменты к своим оркестраторам: флаг `--mcp` принимает stdio, SSE и HTTP. Так к нему добавляют поиск статей, базы данных, приборы и лабораторных роботов.
Безопасно ли запускать сервер на рабочей машине?
Он исполняет код, который пишет модель, поэтому надежнее контейнер или виртуальная машина. Транспорт SSE не проверяет доступ, адрес оставляйте на `127.0.0.1`.
Обсуждение
Вопросов и отзывов пока нет.
Похожие
MCP-серверыMCP-сервер подключает Claude Code и Codex к открытой сессии R или Python в RStudio и Positron, где лежат ваши данные
MCP-сервер и скилл поиска научных статей Sciverse: метаданные, семантический поиск, цитирование и полный текст.
SP-Mind — агент на Claude Agent SDK для анализа пространственной протеомики: от коррекции изображений до аннотации типов клеток.
Плагин для Claude Code и MCP-сервер: более 1000 научных инструментов для биологии, химии и медицины, команды для сверки данных и скиллы-маршрутизаторы
MCP-сервер с набором инструментов для сводок по миру: рынки, отчеты SEC, конфликты, климат и новости из открытых источников
База знаний из ваших документов, где люди и ИИ-агенты ведут разметку вместе, а MCP-сервер и скиллы подключают к ней Claude Code
Сравнение с похожими
Карточки с тем же главным запросом: чем они отличаются.
| Инструмент | Официальный | Авторизация | Звезды репозитория | Главное отличие |
|---|---|---|---|---|
| SciLink (эта карточка) | нет | не нужна | 99 | |
| MATLAB Agentic Toolkit | нет | 1 293 | набор для работы агентов с MATLAB, а SciLink ведет цикл анализа, планирования и расчетов для материалов и химии | |
| Scientific Agent Skills | нет | 56 837 | сборник скиллов по научным областям, а здесь агенты, которые сами исполняют и проверяют код анализа |
Коротко о README
В документации SciLink представлен как платформа для цикла анализа, планирования и моделирования с тремя режимами работы и тремя уровнями самостоятельности. Описаны базовые агенты со сменными наборами навыков в Markdown, память, которая сохраняет найденные приемы, базы знаний по статьям и Python API. Отдельный раздел объясняет работу в роли MCP-сервера и MCP-клиента.