SkillFoxx
Telegram

BAGEL Script Builder — скилл

Скилл bagel-script-builder из репозитория BAGEL по описанию цели пишет сценарий дизайна белка и запуск серий на кластере.

  • 148 ★ репозитория
  • Последний коммит
  • MIT
Скилл

Расширенный доступ

Почему такой уровень

  • Сценарии запускают тяжелые вычисления и отправки на кластер, что стоит денег и времени.
  • Сгенерированный ИИ код требует проверки до запуска.
Все причины и проверки

softnanolab/bagelАвтор:softnanolab

Установка

Работает в

В терминале, через SkillFoxx CLI

npx skillfoxx add skills/bagel-script-builder

Определит агенты на машине, покажет уровень доступа и зафиксирует версию.

Другие способы установки

Доступ и проверки

Как мы проверяем

Расширенный доступИнструмент запускает код или ходит в сеть, а внешние данные только читает.

  • Сценарии запускают тяжелые вычисления и отправки на кластер, что стоит денег и времени.
  • Сгенерированный ИИ код требует проверки до запуска.

Это чужой код. Посмотрите файлы в репозитории перед установкой.

Что делает

BAGEL, фреймворк на Python для программируемого дизайна белков, поставляется со скиллом `bagel-script-builder`. Агент выясняет цель дизайна по списку уточняющих вопросов и пишет подробный, прокомментированный сценарий. Каждый сценарий начинается с пометки, что код создан с помощью ИИ и требует проверки. Для серий запусков скилл дает шаблоны: последовательный запуск, фоновый запуск, отправка на кластер SLURM или PBS и параллельный запуск в Modal. Каждая конфигурация идет в отдельную папку. В репозитории есть и второй скилл, `sae-feature-annotations`.

Для кого. Исследователям белков и биоинформатикам, которые описывают задачу словами и хотят получить рабочий сценарий BAGEL вместо ручной сборки энергетических термов и оракулов.

Подходит, если

  • Нужно спроектировать связывающий пептид к мишени и перебрать несколько зерен генератора.
  • Серию конфигураций отправляют на кластер SLURM одной командой запуска.
  • Агент собирает сценарий с оракулами ESMFold или Boltz2 по описанию цели.
  • Команда хочет проверять сценарии на одном шаге на Modal до длинного запуска.

Не подходит, если

  • Нужна готовая модель или результат без запуска вычислений.
  • Нет доступа ни к GPU-кластеру, ни к Modal.
  • Работа ведется не с белками, фреймворк BAGEL для этого не предназначен.

Пример запроса к агенту

Используй BAGEL, чтобы спроектировать связывающий пептид длиной 30 остатков к CD20, и запусти 8 зерен последовательно в фоне.

Ограничения

Скилл пишет сценарии, но сами вычисления идут в BAGEL и в подключаемых моделях вроде ESMFold, Boltz2 и AlphaFold2, которые требуют установки и серьезного железа. Сгенерированный код нужно проверять человеку, прежде чем тратить машинное время. В README есть раздел с просьбой цитировать опубликованную статью о BAGEL. Скилл лежит в `.claude/skills/` репозитория и работает с проектом после клонирования или копирования в личный каталог скиллов.

Как отключить. Удалите `~/.claude/skills/bagel-script-builder`, если копировали скилл. В самом репозитории он лежит в `.claude/skills/`, и его можно не использовать.

Частые вопросы

Как подключить скилл глобально?

Скопируйте папку командой `cp -r .claude/skills/bagel-script-builder ~/.claude/skills/`. Внутри репозитория Claude Code находит ее без копирования.

Работает ли с другими агентами?

Да. `SKILL.md` самодостаточен, достаточно попросить любого агента прочитать его вместе с папкой `references/` и следовать описанному порядку.

Что скилл создает?

Подробный сценарий с одной функцией `main()`, необязательный тест на один шаг в Modal и для серий запускающий файл `sweep_runner.py` или `submit_cluster.py`.

Откуда ставится сам BAGEL?

Рекомендуемый путь через PyPI, пакет называется `biobagel`. Нужен Python 3.12.

Что за второй скилл?

`sae-feature-annotations` лежит рядом в `.claude/skills/` со скриптом `sae_features.py` и справочником по API. Его применение описано в `SKILL.md` этого скилла.

Обсуждение

Вопросов и отзывов пока нет.

Скиллы
Официальный

Скиллы NVIDIA для биологии и химии: агент предсказывает структуры белков, стыкует молекулы, проектирует белки и разбирает геномы

СкиллРасширенный доступ507

Агент Claude Code для дизайна белков: подбор мишени, генерация антител и нанотел, скрининг и ранжирование кандидатов.

ПлагинРасширенный доступ120

17 скиллов для вычислительной биологии: RNA-seq, одноклеточный анализ, структуры белков, докинг, литература и графики

СкиллРасширенный доступ75
Официальный

Скиллы Probabl для экспериментов по машинному обучению: пайплайн на scikit-learn и skrub, оценка, аудит и подключение к Skore Hub

ПлагинМинимальный доступ145

Скилл по одной фразе строит фабрику как живую 3D-модель с дискретной симуляцией и считает пропускную способность и узкое место.

СкиллРасширенный доступ51

24 скилла по численным методам и материаловедению: агент проверяет устойчивость, сетки, сходимость и запуски на кластере.

ПлагинРасширенный доступ83

Коротко о README

Раздел про агентов в README ведет путь от словесной цели к сценарию и серии запусков. Работа идет через интервью, справочники по API и шаблоны запуска.

Бейдж для README

Сообщить о проблеме