nvMolKit — скилл
Скилл учит агента писать код на nvMolKit: GPU-версии отпечатков, сходства, конформеров и кластеризации молекул из RDKit.
- 282 ★ репозитория
- Последний коммит
Минимальный доступ
Почему такой уровень
- Скилл содержит только инструкции и рецепты; ограничения в основном касаются совместимости драйвера и CUDA.
Установка
- Работает в
Ручная установка
Скопируй `skills/nvmolkit-usage/` в `.cursor/skills/` проекта или в `~/.cursor/skills/`. Перед установкой пакета выбери сборку `torch` под версию драйвера.
Доступ и проверки
Как мы проверяемМинимальный доступИнструмент ничего не запускает и не ходит в сеть.
- Скилл содержит только инструкции и рецепты; ограничения в основном касаются совместимости драйвера и CUDA.
Это чужой код. Посмотрите файлы в репозитории перед установкой.
Что делает
Скилл `nvmolkit-usage` из репозитория NVIDIA дает агенту карту публичного Python-интерфейса nvMolKit и готовые рецепты. nvMolKit повторяет пакетные операции RDKit на видеокарте: отпечатки Моргана, сходство Танимото, конформеры ETKDG, оптимизацию MMFF и UFF, кластеризацию. Входы и выходы остаются настоящими объектами `rdkit.Chem.Mol`. В папке `skills/nvmolkit-usage/` лежат `SKILL.md`, справочник `advanced-usage.md` и проверочные наборы `evals`. Скилл отвечает на вопрос, когда GPU выгоден: большие партии одинаковых операций, где важна общая пропускная способность.
Для кого. Химикам-информатикам и разработчикам, которые просят агента ускорить скрининг больших библиотек молекул на видеокарте NVIDIA.
Подходит, если
- Библиотека из десятков тысяч молекул ждет расчета отпечатков.
- Попарное сходство по всей коллекции считается слишком долго на процессоре.
- Для пакета молекул надо получить конформеры и минимизировать их энергию.
- Агент пишет код на nvMolKit и путает имена функций.
Не подходит, если
- Нужна одна молекула и задержка важнее пропускной способности.
- На машине нет видеокарты NVIDIA с вычислительной способностью 7.0 и выше.
- Требуется сборка nvMolKit из исходников: скилл ее не описывает.
Пример запроса к агенту
Посчитай отпечатки Моргана для списка SMILES на GPU и найди сходство по Танимото с запросом. Используй nvMolKit и объясни, как передать результат дальше.Ограничения
Сам nvMolKit работает только на видеокартах NVIDIA с вычислительной способностью 7.0 и новее, драйвер должен поддерживать CUDA 12.6 и выше. Нужна версия PyTorch с CUDA, подходящая драйверу: pip может выбрать несовместимую, поэтому ставьте `torch` заранее. Скилл охватывает установленный Python-интерфейс и не объясняет сборку из исходников. На единичных молекулах выигрыша от GPU нет. Для нескольких видеокарт и больших партий читайте справочник `advanced-usage.md`: основной файл скилла содержит только базовые рецепты.
Как отключить. Удалите папку `nvmolkit-usage` из `.cursor/skills/` проекта или из `~/.cursor/skills/`. Сам пакет nvMolKit удаляется отдельно через менеджер пакетов.
Частые вопросы
Куда копировать скилл?
В `.cursor/skills/` проекта, чтобы он работал в одном проекте, либо в `~/.cursor/skills/` для всех проектов. Агент подхватывает его по ключевым словам вроде `nvmolkit` и `Tanimoto`.
Какой менеджер пакетов выбрать для nvMolKit?
Рекомендованный вариант в README: conda-forge с метапакетом `pytorch-gpu`. Через pip сначала ставьте `torch` с нужным CUDA, через uv добавляйте `--torch-backend`.
Подходит ли скилл Claude Code?
Документация называет Cursor и другие агенты с форматом `SKILL.md`. Для других клиентов положите папку в их каталог скиллов.
Что проверяют наборы `evals`?
Они содержат определения оценочных запросов и проверок срабатывания скилла. Их используют, чтобы убедиться, что агент подхватывает скилл и пишет рабочий код.
Какие операции охватывает скилл?
Отпечатки Моргана, сходство Танимото, конформеры ETKDG, оптимизацию MMFF и UFF, кластеризацию и поиск по молекулам. Триггеры скилла включают эти слова.
Обсуждение
Вопросов и отзывов пока нет.
Похожие
СкиллыMCP-сервер глобальной аналитики: новости, геополитические риски, рынки и инфраструктура как инструменты для агента
166 скиллов для научных задач: биоинформатика, хемоинформатика, клинические данные, геоданные и доступ к более чем 100 базам
Нативный клиент ClickHouse выполняет SQL и выгружает результат для аналитических запросов, подготовленных агентом.
Скилл Streamlit
developing-with-streamlit
Официальный скилл Streamlit, встроенный в библиотеку: создание, стилизация, отладка и ускорение приложений, ставится командой streamlit skills
Два навыка по книге Стаса Бекмана: обучение больших моделей на кластере и приемочный прогон GPU-кластера с отчетом.
CLI migrate применяет версионные изменения базы в заданном порядке и позволяет выбрать число шагов или целевую версию схемы.
Коротко о README
Репозиторий содержит саму библиотеку nvMolKit и скилл с картой интерфейса, рецептами и проверками. Установка библиотеки и копирование скилла описаны отдельно.