SkillFoxx
Telegram

Agentic PyMOL MCP

MCP-сервер связывает агента с открытым PyMOL: загрузка структур, выравнивание, расстояния и рендер PNG с типизированным ответом.

  • 107 ★ репозитория
  • Последний коммит
  • MIT
MCP-сервер

Минимальный доступ

Почему такой уровень

  • Агент управляет открытым сеансом PyMOL и может менять в нем объекты и рендеры.
Все причины и проверки

arcadia-science/agentic-pymolАвтор:Arcadia-Science

Установка

Ручная установка

Текст для агента

Склонируй репозиторий и выполни `uv sync`, поставь плагин `pymol_plugin/__init__.py` через Plugin Manager и нажми Start Listening, затем зарегистрируй `.venv/bin/agentic-pymol` командой `claude mcp add --scope user pymol`.

Доступ и проверки

Как мы проверяем

Минимальный доступИнструмент ничего не запускает и не ходит в сеть.

  • Агент управляет открытым сеансом PyMOL и может менять в нем объекты и рендеры.

Это чужой код. Посмотрите файлы в репозитории перед установкой.

Что делает

Agentic PyMOL — небольшой мост между универсальным агентом и сеансом PyMOL, который у вас уже открыт. Агент управляет живым сеансом и получает данные обратно структурой: объекты, цепи, координаты, расстояния, RMSD, виды, последовательности и ошибки. Это не встроенный чат и не молекулярная рабочая среда. Примеры задач: загрузить убиквитин, показать как мультяшную модель, раскрасить по вторичной структуре и сохранить PNG; составить таблицу остатков в контакте с ДНК для структуры `6EDC`; выровнять цепь A у двух структур, назвать RMSD и показать сдвинувшиеся области. Докинг, поиск по последовательностям, предсказание и внешние биологические API сознательно не входят. Подключается к Claude Code, Claude Desktop, Codex CLI и VS Code Copilot.

Для кого. Структурным биологам и биоинформатикам, которые работают в PyMOL и хотят управлять им словами через своего агента.

Подходит, если

  • Нужно выровнять две структуры и сразу увидеть, какие области сдвинулись.
  • По структуре белка с ДНК строят таблицу контактных остатков.
  • Десять связывающих молекул сравнивают по конформационному сдвигу петли.
  • К статье требуется рендер выбранного вида в PNG.

Не подходит, если

  • Нужен докинг, поиск по последовательностям или анализ консервативности: пакет их не включает.
  • Установлен PyMOL 3.1.0 на PyQt6 (Homebrew на macOS): плагин при установке падает.
  • Нужен автономный чат внутри PyMOL.

Пример запроса к агенту

Загрузи убиквитин, покажи мультяшной моделью, раскрась по вторичной структуре и сохрани рендер в PNG.

MCP

Транспорт
stdio
Авторизация
не нужна

Ограничения

Нужны PyMOL 2.6 и новее, менеджер `uv` и MCP-клиент. Плагин в PyMOL надо поставить и запустить кнопкой «Start Listening». Сборка PyMOL 3.1.0 с PyQt6, например текущая из Homebrew на macOS, падает при установке плагина из-за ошибки в самом PyMOL. Сервер управляет открытым сеансом, поэтому агент может менять и закрывать объекты в нем. Рядом есть другие мосты к PyMOL, но этот возвращает типизированные данные, а не просто «успешно».

Как отключить. Остановите прослушивание в меню плагина PyMOL, удалите плагин и выполните `claude mcp remove pymol` (или аналог для другого клиента).

Частые вопросы

Как зарегистрировать в Claude Code?

Командой `claude mcp add --scope user pymol /absolute/path/to/agentic-pymol/.venv/bin/agentic-pymol`, затем проверить через `claude mcp list`.

А в Codex CLI?

Командой `codex mcp add pymol -- /absolute/path/to/agentic-pymol/.venv/bin/agentic-pymol` и проверкой `codex mcp list`.

Нужно ли запускать PyMOL особым образом?

Нет. Сервер работает с вашей обычной установкой, достаточно включить прослушивание в плагине.

Чем он отличается от встроенных чатов?

Агент остается вашим универсальным, а PyMOL открывается ему как набор типизированных инструментов с чтением данных обратно.

Есть ли видео установки?

Да, в README есть видеоразбор настройки и шестиминутная демонстрация анализа структуры.

Обсуждение

Вопросов и отзывов пока нет.

MCP-серверы

Редактор химических структур с MCP-сервером, CLI и скиллом: агент рисует молекулы, считает свойства и экспортирует CDXML и SVG.

MCP-серверМинимальный доступ67

Плагин для Claude Code и MCP-сервер: более 1000 научных инструментов для биологии, химии и медицины, команды для сверки данных и скиллы-маршрутизаторы

ПлагинШирокий доступ1,8 тыс.

MCP-сервер научных агентов: Claude Code анализирует спектры и снимки, планирует опыты и готовит расчеты DFT

MCP-серверШирокий доступ99

Плагин и набор из 130 с лишним скиллов для материаловедения: релаксация, молекулярная динамика, DFT и базы структур через MCP.

ПлагинРасширенный доступ187
Официальный

Скиллы NVIDIA для биологии и химии: агент предсказывает структуры белков, стыкует молекулы, проектирует белки и разбирает геномы

СкиллРасширенный доступ508

Коротко о README

В README изложены мост, цели дизайна, примеры запросов, установка для четырех клиентов, использование и сравнение с другими проектами для PyMOL.

Бейдж для README

Сообщить о проблеме