OLS4 Ontology Lookup Service MCP
MCP-эндпоинт EMBL-EBI ищет классы биомедицинских онтологий, их предков и потомков, в том числе по смыслу через эмбеддинги.
- 108 ★ репозитория
- Последний коммит
- Apache-2.0
Минимальный доступ
Почему такой уровень
- Инструменты только читают общедоступные онтологии, но запросы уходят во внешний сервис EMBL-EBI.
Установка
- Работает в
В терминале, через SkillFoxx CLI
npx skillfoxx add mcp/ols4-ontology-lookup-serviceОпределит агенты на машине, покажет уровень доступа и зафиксирует версию.
Другие способы установки
Доступ и проверки
Как мы проверяемМинимальный доступИнструмент ничего не запускает и не ходит в сеть.
- Инструменты только читают общедоступные онтологии, но запросы уходят во внешний сервис EMBL-EBI.
Это чужой код. Посмотрите файлы в репозитории перед установкой.
Что делает
Ontology Lookup Service (OLS4) от EMBL-EBI хранит актуальные версии биомедицинских онтологий. Помимо сайта и REST API у сервиса есть публичный MCP-эндпоинт `https://www.ebi.ac.uk/ols4/api/mcp` на Streamable HTTP. Он работает без сессий: клиент инициализируется и вызывает инструменты POST-запросами, а GET-запросы на прослушивание возвращают 405. Инструменты ищут классы по строке, возвращают предков, прямых потомков и всех потомков класса, выдают список онтологий, а также ищут по смыслу через векторные эмбеддинги. Перед семантическим поиском нужно получить список моделей эмбеддингов. Также есть совместимые с OpenAI инструменты `search` и `fetch` с идентификатором вида `go+IRI`.
Для кого. Биоинформатикам и исследователям, которым агент нужен для привязки терминов к онтологиям вроде GO или EFO.
Подходит, если
- Свободный текст из таблицы приводят к терминам онтологии.
- Для класса нужно найти всех потомков, чтобы расширить запрос к базе.
- Название болезни ищут по смыслу, когда точной формулировки в онтологии нет.
- Агент собирает список доступных онтологий перед выбором словаря.
Не подходит, если
- Нужен собственный экземпляр OLS с закрытыми данными: публичный эндпоинт отвечает на общие онтологии.
- Требуется долгая сессия с уведомлениями от сервера: он их не поддерживает.
- Работа ведется офлайн.
Пример запроса к агенту
Найди в онтологиях GO классы про клеточное дыхание и покажи всех потомков самого общего из них.MCP
- Транспорт
- http
- Авторизация
- не нужна
Ограничения
Публичный эндпоинт работает на инфраструктуре EMBL-EBI, а условия для высокой нагрузки в README не описаны: запросы уходят во внешний сервис. Эндпоинт без сессий не отправляет сообщения от сервера, поэтому клиентам с подпиской на события он не подходит. Для семантического поиска нужна модель с признаком `can_embed`, ее выбирают из списка. Репозиторий содержит три проекта (загрузчик данных, сервер API и фронтенд на React), а развертывание своего экземпляра требует Docker или Kubernetes.
Как отключить. Удалите запись сервера из настроек MCP-клиента. Собственный экземпляр OLS остановите командами Docker Compose или Kubernetes.
Частые вопросы
Какой адрес у MCP?
`https://www.ebi.ac.uk/ols4/api/mcp`, транспорт Streamable HTTP без сессий.
Почему GET возвращает 405?
Сервер не держит SSE-соединения, чтобы заброшенные подключения не исчерпали ресурсы. Рабочие запросы идут по POST.
Как искать по смыслу?
Сначала вызовите список моделей эмбеддингов, затем выберите модель с `can_embed=true` и передайте запрос на естественном языке.
Какой формат идентификатора у инструмента fetch?
Строка `ontologyid+entityIri`, например `go+http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0008150`.
Как развернуть свой OLS?
Запустите загрузку данных скриптом `dataload.sh` с конфигом онтологии, затем `docker compose up`. Подробности есть в README репозитория.
Обсуждение
Вопросов и отзывов пока нет.
Похожие
MCP-серверыMCP-сервер Швейцарского института биоинформатики подсказывает агенту примеры и схему классов для SPARQL к UniProt и Bgee.
Справочник медицинских кодов для агента: поиск, сопоставление и навигация по концептам SNOMED CT, ICD-10, RxNorm и LOINC
Официальный MCP-сервер Open Targets: агент ищет гены, заболевания и препараты и запрашивает связи мишеней с болезнями
Open Ontologies
open-ontologies
Планирование изменений онтологий OWL: оценка последствий, откат и проверяемое доказательство для рецензента. Один бинарь на Rust для узкой аудитории
Семантический слой NVIDIA Auto Ontology как MCP-сервер: запросы к базам проходят проверку, а факты ложатся в личную базу знаний.
MCP-сервер для поиска и загрузки научных статей из arXiv, PubMed, bioRxiv, Semantic Scholar и других открытых источников
Коротко о README
README ведет к сайту, REST API и MCP-эндпоинту, затем описывает три проекта репозитория и два способа развертывания: Docker Compose и Kubernetes.