sparql-llm MCP
MCP-сервер Швейцарского института биоинформатики подсказывает агенту примеры и схему классов для SPARQL к UniProt и Bgee.
- 134 ★ репозитория
- Последний коммит
- MIT
Расширенный доступ
Почему такой уровень
- Вопросы агента уходят на публичный сервер SIB, а SPARQL-запросы выполняются на указанных точках доступа.
Установка
- Работает в
В терминале, через SkillFoxx CLI
npx skillfoxx add mcp/sparql-llmОпределит агенты на машине, покажет уровень доступа и зафиксирует версию.
Другие способы установки
Доступ и проверки
Как мы проверяемРасширенный доступИнструмент запускает код или ходит в сеть, а внешние данные только читает.
- Вопросы агента уходят на публичный сервер SIB, а SPARQL-запросы выполняются на указанных точках доступа.
Это чужой код. Посмотрите файлы в репозитории перед установкой.
Что делает
sparql-llm — проект Швейцарского института биоинформатики (SIB). Публичный MCP-сервер `https://chat.expasy.org/mcp` и локальный запуск `uvx sparql-llm` дают агенту три инструмента: поиск примеров запросов и схемы классов по вопросу, получение схемы классов и выполнение SPARQL-запроса на заданной точке доступа. Метаданные берутся из эндпоинтов UniProt, Bgee, OMA, SwissLipids и Cellosaurus. Инструменты `search_proteins` и `get_protein` обращаются к REST API UniProt. Клиентам с поддержкой MCP Apps доступны виджеты: треки признаков белка, структура AlphaFold, сеть взаимодействий, экспрессия генов из Bgee, реакции Rhea и другие. В репозитории также лежат чат-сервис и pip-пакет `sparql-llm` с повторно используемыми компонентами.
Для кого. Биоинформатикам и аналитикам, которые обращаются к биобазам через SPARQL и хотят, чтобы агент сам составлял запросы.
Подходит, если
- Агенту предстоит построить SPARQL-запрос к UniProt, и сначала он подтягивает похожие примеры.
- Белок нужно найти по гену и организму: `search_proteins`, затем `get_protein`.
- В клиенте с MCP Apps открывают интерактивную карту признаков белка или структуру AlphaFold.
- Есть собственная база с описанием VoID: локальный сервер индексирует ее эндпоинты по файлу настроек.
Не подходит, если
- Эндпоинт не содержит примеров запросов и описания VoID: проекту нужны эти метаданные.
- Вопросы нельзя отправлять на публичный сервер chat.expasy.org: тогда его разворачивают у себя.
- Задача медицинская, с диагнозом или решением о лечении: инструмент ищет данные и строит запросы.
Пример запроса к агенту
Найди в UniProt белки человека для гена TP53 и составь SPARQL-запрос, который вернет их функции.MCP
- Транспорт
- stdio, http
- Авторизация
- не нужна
Переменные окружения
SETTINGS_FILEPATH- Путь к JSON-файлу настроек со списком эндпоинтов для локального сервера.
Ограничения
Эндпоинтам нужны метаданные: примеры SPARQL-запросов и описание VoID, которое можно сгенерировать утилитой void-generator. Публичный сервер `https://chat.expasy.org/mcp` настроен на биоресурсы SIB. Для своих эндпоинтов сервер запускают локально командой `uvx sparql-llm` и передают путь к JSON-настройкам в `SETTINGS_FILEPATH`. Вопросы агента уходят на выбранный сервер, а инструмент выполнения запроса обращается к указанной точке доступа. Виджеты видны только клиентам с поддержкой MCP Apps, остальные получают текстовое резюме. Часть возможностей чат-системы README отмечает как незавершенную (WIP).
Как отключить. Удалите сервер `expasy-mcp` (или `expasy-mcp-http`) из конфигурации MCP-клиента. Локальный файл настроек можно удалить вместе с ним.
Частые вопросы
Как подключить публичный сервер SIB?
Укажите в клиенте URL `https://chat.expasy.org/mcp/` с типом `http`. Для VS Code откройте `MCP: Open User Configuration` в палитре команд и добавьте сервер в `mcp.json`.
Как запустить сервер локально?
Выполните `uvx sparql-llm`. Чтобы подключить свои эндпоинты, задайте переменную `SETTINGS_FILEPATH` с путем к JSON-файлу настроек.
Что нужно от эндпоинта?
Примеры SPARQL-запросов и описание VoID. Подходит ли эндпоинт, быстро проверить на странице sib-swiss.github.io/sparql-editor/check.
Какие базы покрывает публичный сервер?
Ресурсы SIB: UniProt, Bgee, OMA, SwissLipids и Cellosaurus, а также Rhea, MetaNetX и OrthoDB через отдельные инструменты.
Есть ли виджеты для биоданных?
Да, для клиентов с MCP Apps: `show_protein_features`, `show_protein_structure`, `show_gene_expression`, `show_reaction` и другие. Остальные клиенты получают текстовое резюме.
Обсуждение
Вопросов и отзывов пока нет.
Похожие
MCP-серверыMCP-эндпоинт EMBL-EBI ищет классы биомедицинских онтологий, их предков и потомков, в том числе по смыслу через эмбеддинги.
Плагин для Claude Code и MCP-сервер: более 1000 научных инструментов для биологии, химии и медицины, команды для сверки данных и скиллы-маршрутизаторы
MCP-сервер для поиска и загрузки научных статей из arXiv, PubMed, bioRxiv, Semantic Scholar и других открытых источников
Официальный MCP-сервер Open Targets: агент ищет гены, заболевания и препараты и запрашивает связи мишеней с болезнями
Самохостинг RAG-приложение с веб-интерфейсом и встроенным MCP-сервером: документы, Qdrant, ответы с источниками.
PubMed MCP ищет биомедицинские статьи, читает доступные тексты и оформляет ссылки с отметками исправлений и отзыва работ.
Коротко о README
Проект состоит из трех частей: чат-сервис expasy.org/chat, MCP-сервер и pip-пакет с компонентами. Поиск по схемам эндпоинтов и проверка запросов повышают точность SPARQL. В разделе про MCP перечислены инструменты, виджеты и способы подключения клиента.