SP-Mind — плагин
SP-Mind — агент на Claude Agent SDK для анализа пространственной протеомики: от коррекции изображений до аннотации типов клеток.
- 280 ★ репозитория
- Последний коммит
- Apache-2.0
Расширенный доступ
Почему такой уровень
- Агент пишет и запускает код, режим `--sandbox` блокирует разрушительные команды.
- Работа идет на ключе Anthropic и контейнерах, расходы ложатся на пользователя.
Установка
- Работает в
В терминале, через SkillFoxx CLI
npx skillfoxx add plugins/sp-mindОпределит агенты на машине, покажет уровень доступа и зафиксирует версию.
Другие способы установки
Доступ и проверки
Как мы проверяемРасширенный доступИнструмент запускает код или ходит в сеть, а внешние данные только читает.
- Агент пишет и запускает код, режим `--sandbox` блокирует разрушительные команды.
- Работа идет на ключе Anthropic и контейнерах, расходы ложатся на пользователя.
Это чужой код. Посмотрите файлы в репозитории перед установкой.
Что делает
SP-Mind — исследовательский агент к статье на ICML 2026. Он выбирает инструменты, пишет код, смотрит промежуточные результаты и повторяет цикл. Под капотом контейнеры с обычным набором для мультиплексной визуализации: коррекция освещения BaSiC, совмещение ASHLAR, вычитание фона, поиск ядер UnMICST, сегментация S3Segmenter, количественный расчет MCQuant, кластеризация в Scimap. Аннотацию типов клеток ведут навыки с методиками для каждого этапа. Режим `--mcp` выдает весь набор как MCP-сервер, который ставят в Claude Desktop или Claude Code, `--sandbox` включает защитные хуки `PreToolUse`. В репозитории лежит SP-Bench, набор задач для проверки.
Для кого. Биоинформатикам и исследователям опухолевого микроокружения, которые анализируют изображения пространственной протеомики и хотят поручить цепочку обработки агенту.
Подходит, если
- Снимки мультиплексной визуализации проходят путь от коррекции освещения до количественной таблицы.
- Типы клеток назначают по маркерам и методикам этапа.
- Набор инструментов хочется подключить к Claude Code как MCP.
- Агентов сравнивают на задачах SP-Bench.
Не подходит, если
- Нужен клинический вывод: результаты исследования проверяет специалист.
- Нет Docker, Apptainer или Singularity для контейнеров с инструментами.
- Данные относятся к другой области, например к геномике.
Пример запроса к агенту
Пройди снимки образца от коррекции освещения до сегментации и количественной таблицы, затем предложи типы клеток по маркерам.Ограничения
Проект исследовательский, результаты не заменяют проверку специалистом и не подходят для клинических решений. Нужны Python 3.11 и новее, Claude Code CLI, Docker или Apptainer и ключ `ANTHROPIC_API_KEY`, расходы по ключу ложатся на вас. Контейнеры с инструментами придется скачать скриптами из `scripts/`. Установка `scimap` отдельно описана с оговорками по устаревшим версиям зависимостей. Режим `--mcp` по умолчанию выключен. Последний коммит датирован октябрем 2026 года.
Как отключить. Удалите установленный пакет командой `pip uninstall spmind`, подключение MCP из клиента и скачанные контейнеры. Папку репозитория удалите вручную.
Частые вопросы
Что нужно для установки?
Python 3.11 или новее, Claude Code CLI, Docker или Apptainer и ключ `ANTHROPIC_API_KEY`.
Как скачать контейнеры?
Скриптами: `scripts/pull_docker_images.sh` для Linux и Intel Mac, вариант для ARM64 и скрипт для Apptainer.
Что делает `--sandbox`?
Ставит защитные хуки `PreToolUse`, которые блокируют разрушительные команды оболочки до запуска.
Как использовать в Claude?
Режим `--mcp` публикует инструменты как MCP-сервер с типизированными схемами, его можно установить в Claude Desktop или Claude Code.
Что такое SP-Bench?
Набор реальных запросов по пространственной протеомике со скриптами оценки аннотации и количественного расчета.
Обсуждение
Вопросов и отзывов пока нет.
Похожие
ПлагиныАгент Claude Code для дизайна белков: подбор мишени, генерация антител и нанотел, скрининг и ранжирование кандидатов.
MCP-сервер подключает Claude Code и Codex к открытой сессии R или Python в RStudio и Positron, где лежат ваши данные
MCP-сервер научных агентов: Claude Code анализирует спектры и снимки, планирует опыты и готовит расчеты DFT
Плагин для Claude Code и MCP-сервер: более 1000 научных инструментов для биологии, химии и медицины, команды для сверки данных и скиллы-маршрутизаторы
StatsClaw собирает команду из девяти агентов Claude Code для разработки статистических пакетов по статье или формулам.
Life Sciences — маркетплейс Anthropic для Claude Code
Life Sciences Marketplace
Официальный маркетплейс плагинов Anthropic для биологии и медицины: PubMed, BioRender, Synapse, ChEMBL, ClinicalTrials.gov и скиллы для анализа данных
Коротко о README
README включает аннотацию статьи, обзор агента, таблицу этапов с инструментами, установку, быстрый старт и режимы работы. Есть видеообзор на 55 секунд.