galaxy-mcp — биоинформатическая платформа Galaxy в агенте
galaxy-mcp
MCP-сервер проекта Galaxy подключает агента к серверу Galaxy: поиск и запуск инструментов, истории, воркфлоу и каталог IWC
- 40 ★ репозитория
- Последний коммит
Расширенный доступ
Почему такой уровень
- Ключ API Galaxy дает доступ к историям пользователя, и агент может запускать задания, менять и удалять истории и загружать файлы
- Запуск инструментов и воркфлоу расходует вычислительные ресурсы сервера Galaxy и квоту пользователя
- Данные исследований, включая клинические, попадают в контекст модели при чтении содержимого историй
Установка
- Работает в
В терминале, через SkillFoxx CLI
npx skillfoxx add mcp/galaxy-mcpОпределит агенты на машине, покажет уровень доступа и зафиксирует версию.
Другие способы установки
Доступ и проверки
Как мы проверяемРасширенный доступИнструмент запускает код или ходит в сеть, а внешние данные только читает.
- Ключ API Galaxy дает доступ к историям пользователя, и агент может запускать задания, менять и удалять истории и загружать файлы
- Запуск инструментов и воркфлоу расходует вычислительные ресурсы сервера Galaxy и квоту пользователя
- Данные исследований, включая клинические, попадают в контекст модели при чтении содержимого историй
Это чужой код. Посмотрите файлы в репозитории перед установкой.
Что делает
Сервер подключается к любому серверу Galaxy по адресу и ключу API и дает агенту инструменты для работы с платформой биоинформатики. Через него можно искать инструменты по имени и ключевым словам, смотреть их входы, запускать их в истории и следить за заданиями вместе с журналами stdout и stderr. Отдельные группы инструментов управляют историями, наборами данных и коллекциями, загружают файлы с диска или по ссылке и скачивают результаты. С воркфлоу агент работает через список, шаблон входов, запуск, список запусков и отмену. Каталог Intergalactic Workflow Commission дает поиск, ранжирование по описанию задачи и импорт готовых воркфлоу. Есть страницы Galaxy в разметке markdown и пользовательские инструменты, которые создаются и запускаются без прав администратора. Сервер выпускается в двух реализациях: на Python с пакетом galaxy-mcp на PyPI и на TypeScript с пакетами в npm.
Для кого. Биоинформатикам и исследователям, которые работают на Galaxy и хотят запускать анализ, искать воркфлоу и разбирать упавшие задания разговором с агентом
Подходит, если
- Под данные секвенирования ищут подходящий воркфлоу в каталоге IWC и импортируют его в свой Galaxy
- Задание в истории упало, и причину разбирают по коду выхода и журналам stdout и stderr
- Файлы с диска или по ссылке загружают в историю и запускают по ним инструмент без веб-интерфейса
- К инструменту собирают шаблон входов и проверяют, как в его тестах задают параметры
- Входы воркфлоу заранее проверяют, запускают его и следят за ходом выполнения
Не подходит, если
- Вы не работаете на Galaxy: сервер говорит только с серверами этой платформы
- Нет ключа API или входа через OAuth: без них подключение к серверу Galaxy невозможно
- Нужен полный каталог инструментов за один запрос: панель инструментов на боевом сервере занимает мегабайты
- Нужны отчеты о результатах для публикации: сервер запускает анализ и скачивает данные, оформление отчета остается за вами
Пример запроса к агенту
Подключись к usegalaxy.org, найди в каталоге IWC воркфлоу для анализа RNA-seq, импортируй его и покажи, какие входы нужны для запуска.MCP
- Транспорт
- stdio
- Авторизация
- не нужна
Переменные окружения
GALAXY_URLобязательная- Адрес сервера Galaxy, например https://usegalaxy.org/
GALAXY_API_KEYсекрет- Ключ API Galaxy для режима stdio, при входе через OAuth не нужен
Ограничения
Две реализации, на Python и на TypeScript, живут отдельно с разными циклами релизов, поэтому набор операций у них различается, и перед работой стоит сверить README той, что вы поставили. Некоторые операции, например история страниц, требуют Galaxy 26.1 и новее. Расширение container-recommend подключается отдельно и добавляет зависимости. Режим OAuth по HTTP требует постоянного секрета сессии. Последний коммит сделан 5 ноября 2026 года.
Как отключить. Выполните `claude mcp remove galaxy` и удалите ключ API на странице пользователя Galaxy. Данные в историях на сервере остаются, их удаляют средствами самого Galaxy.
Частые вопросы
Нужен ли собственный сервер Galaxy?
Нет. Подключение идет к любому доступному серверу, например usegalaxy.org или региональным, нужны его адрес и ключ API.
Как запустить сервер?
Для Python командой uvx galaxy-mcp в режиме stdio, а для HTTP добавляется параметр transport со значением streamable-http. Есть образ контейнера на ghcr.io.
Что дает каталог IWC?
Поиск готовых воркфлоу Intergalactic Workflow Commission, ранжирование по описанию задачи и импорт выбранного воркфлоу в ваш Galaxy.
Можно ли входить без ключа API?
Да, в режиме HTTP с OAuth сервер обменивает данные входа на временные ключи Galaxy.
Зачем расширение container-recommend?
Оно подбирает реальный образ quay.io/biocontainers для набора пакетов conda, чтобы пользовательский инструмент не упал из-за выдуманного тега.
Обсуждение
Вопросов и отзывов пока нет.
Похожие
MCP-серверыMCP-сервер с набором инструментов для сводок по миру: рынки, отчеты SEC, конфликты, климат и новости из открытых источников
Плагин для Claude Code и MCP-сервер: более 1000 научных инструментов для биологии, химии и медицины, команды для сверки данных и скиллы-маршрутизаторы
Graphlit MCP Server — база знаний для агента
Graphlit MCP Server
Официальный MCP-сервер Graphlit: агент собирает материалы из Slack, GitHub, почты и сайтов в базу знаний и ищет по ней
MCP-сервер, CLI и SDK платформы QVeris: агент ищет нужный сервис данных, вызывает его и проверяет расход кредитов
Агент читает запуски, метрики и трассы Weave из Weights & Biases и собирает отчеты по вопросам на обычном языке
MCP-сервер научных агентов: Claude Code анализирует спектры и снимки, планирует опыты и готовит расчеты DFT
Сравнение с похожими
Карточки с тем же главным запросом: чем они отличаются.
| Инструмент | Официальный | Авторизация | Звезды репозитория | Главное отличие |
|---|---|---|---|---|
| galaxy-mcp — биоинформатическая платформа Galaxy в агенте (эта карточка) | да | не нужна | 40 | |
| BioMCP | нет | не нужна | 678 | доступ к биомедицинским базам и литературе, а здесь запуск анализов и воркфлоу на сервере Galaxy |
| ClawBio | нет | 1 182 | набор биоинформатических навыков агента, а здесь подключение к платформе Galaxy |
Коротко о README
В README описаны две реализации сервера и контракт между ними, список возможностей от подключения и поиска инструментов до страниц и каталога IWC, дополнения container-recommend и code-mode, режимы stdio и HTTP с OAuth и запуск в контейнере. Подробный список операций вынесен в README каждой реализации.