Biomedical Paper Reader — скилл
Разбирает одну биомедицинскую статью по рисункам: зачем поставлен опыт, что доказывают данные и какие решения стоит перенять
- 156 ★ репозитория
- Последний коммит
- MIT
Минимальный доступ
Почему такой уровень
- Скилл читает статьи и пишет отчет, ничего не выполняя в системе
- Загруженные PDF и текст попадают к провайдеру модели агента
Установка
- Работает в
В терминале, через SkillFoxx CLI
npx skillfoxx add skills/biomedical-paper-readerОпределит агенты на машине, покажет уровень доступа и зафиксирует версию.
Другие способы установки
Доступ и проверки
Как мы проверяемМинимальный доступИнструмент ничего не запускает и не ходит в сеть.
- Скилл читает статьи и пишет отчет, ничего не выполняя в системе
- Загруженные PDF и текст попадают к провайдеру модели агента
Это чужой код. Посмотрите файлы в репозитории перед установкой.
Что делает
Biomedical Paper Reader — скилл для глубокого чтения одной биомедицинской статьи. На вход идет PDF, DOI, ссылка или текст, а на выходе читательский отчет: вопрос исследования, методы и цели, результаты, связь аргументов, вклад, научные ограничения и идеи для собственного дизайна работы. Отчет по умолчанию на китайском, английский и двуязычный вариант включаются по запросу. Режимов три. Полный разбор читает весь доступный текст и методы, просматривает основные и дополнительные рисунки и при необходимости углубляется в панели. Быстрое чтение начинается с аннотации и структуры результатов, затем проверяет рисунки, на которых держится вывод, и перечисляет непрочитанное. Третий режим берет конкретный рисунок или метод вместе с контекстом и контролями. Рабочие записи (источник версии, события просмотра, таблица покрытия, индекс доказательств) хранятся отдельно от отчета и показываются по запросу. Скилл описывает изображение только после реального просмотра, не пишет наблюдение как причинность и различает единицы анализа, например клетку и донора. Рядом с навыком есть локальное настольное приложение BioReader для macOS и Windows.
Для кого. Биологам, врачам-исследователям и аспирантам, которые читают статьи вне своей узкой темы и хотят понять доказательную базу, не ограничиваясь пересказом.
Подходит, если
- Перед журнальным клубом нужен разбор одной статьи с пояснением, зачем поставлен каждый опыт
- Надо быстро решить, стоит ли читать работу целиком, и получить список непроверенных мест
- Нужно понять, как автор перешел от рисунка к выводу и где доказательства кончаются
- Вы ищете удачный дизайн эксперимента, чтобы адаптировать его для своей работы
Не подходит, если
- Нужен полный перевод статьи: это не основная задача скилла
- Нужен систематический обзор или сравнение нескольких работ: скилл рассчитан на одну статью
- Нужна клиническая рекомендация: отчет объясняет доказательства статьи и не заменяет решение врача
Пример запроса к агенту
Сделай полный разбор этой статьи по PDF: по каждому рисунку объясни, зачем поставлен опыт и что он доказываетОграничения
Отчет опирается на доступный текст и рисунки. Если у вас только фрагмент или вторичный разбор, скилл работает с ним, но указывает пределы охвата и ставит оценки как предварительные. Дополнительные материалы берутся только из локальных файлов, а загрузка из сети идет по явной просьбе.
Для чтения рисунков агенту нужна модель с поддержкой изображений. Автор описывает проблему с прерыванием длинных ответов у рассуждающих моделей и ее исправление в версии 0.13.1, но на длинных статьях стоит следить за обрывами. Языком отчета управляет пользователь: английская статья сама по себе не включает английский вывод. Релизы desktop-версии могут отставать от ветки `main`.
Как отключить. Удалите папку `biomedical-paper-reader` из каталога навыков агента, например из `~/.codex/skills`. Настольное приложение BioReader удаляется как обычная программа, отчеты остаются в ваших папках.
Частые вопросы
Как поставить скилл?
Склонируйте репозиторий в каталог навыков агента, например `git clone https://github.com/Gaoyuan-0423/biomedical-paper-reader.git ~/.codex/skills/biomedical-paper-reader`.
Какие входные данные принимает скилл?
PDF, DOI, ссылку на статью или полный текст. Работает и с вторичным разбором, но тогда помечает охват как ограниченный.
Чем быстрое чтение отличается от полного разбора?
Быстрое чтение начинается с аннотации и структуры результатов, проверяет только ключевые рисунки и перечисляет непрочитанное. Полный разбор проходит все основные и дополнительные рисунки.
Есть ли приложение с интерфейсом?
Да, BioReader для macOS и Windows. Скачать его можно со страницы релизов репозитория, он работает локально рядом со скиллом.
Можно ли получить английский отчет?
Да, по запросу. Язык выбирает пользователь, а двуязычный отчет использует общий набор доказательств, поэтому цифры и сила выводов совпадают.
Обсуждение
Вопросов и отзывов пока нет.
Похожие
СкиллыСкилл для подробного разбора одной научной статьи: шесть частей, ключевые рисунки в тексте и проверка каждого вывода по источнику.
Два скилла для Claude Code и Codex: агент переводит научные статьи в библиотеке EasyRead и отвечает на заметки на полях
paper-reading-skill разбирает arXiv-статью по ИИ и робототехнике в отчет с проверяемыми утверждениями и ссылками на места в тексте.
Скилл ищет научные статьи сразу в пяти открытых базах и собирает офлайн-отчет с релевантностью, BibTeX и поисковыми запросами.
Скилл для чтения научных статей по-китайски: сначала сообщает, что прочитано, затем даст цифры с указанием таблицы или рисунка.
Скиллы для клинических исследований: поиск литературы, статистика, проверка по руководствам отчетности и ссылок, подача в журнал
Сравнение с похожими
Карточки с тем же главным запросом: чем они отличаются.
| Инструмент | Официальный | Звезды репозитория | Главное отличие |
|---|---|---|---|
| Biomedical Paper Reader (эта карточка) | нет | 156 | |
| kelip-paper-reading | нет | 355 | разбирает статьи общего профиля, биомедицинской специализации и режима рисунков в нем нет |
| Medical Research Agent Skills | нет | 2 047 | набор скиллов для медицинских исследований, разбора одной статьи по рисункам в нем нет |
Коротко о README
Скилл строит читательский отчет вокруг вопросов «почему так поставлен опыт», «что доказывают данные», «что можно перенять». Автор разделяет отчет и рабочие записи, требует описывать изображение только после просмотра и подбирает формулировки под силу вывода. В репозитории лежат примеры отчетов и запись приемочных проверок.
Бейдж для README
Исходный SKILL.md
--- name: biomedical-paper-reader description: "为单篇生物医学研究论文生成中文精读报告：逐图解释实验为什么这样设计、方法与结果如何支持结论、证据边界在哪里，并提炼可借鉴的研究设计；支持速读筛选与指定图／方法专题解析，英文或中英双语按需提供。输入可为 PDF、DOI、链接或正文。Deep-read, figure-by-figure analysis, quick screening, or focused figure/method analysis of one biomedical paper (PDF, DOI, link, or full text). 全文翻译、系统综述与多篇比较不是默认任务。" --- # 生物医学文献阅读 围绕单篇论文回答：作者为什么这样设计，每一步证据支持到哪里，哪些设计可以借鉴。版本 v0.13.1（[更新记录](CHANGELOG.md)）。 默认交付是供读者理解论文的**阅读报告**： - 正文由研究问题、方法与目的、结果、论证衔接、贡献、科学局限和研究借鉴构成。 - 来源版本、查看事件、覆盖表、证据索引等工作记录独立保存，不进入正文，也不默认生成可读核查附件；分离规则见[证据规则](references/evidence-rules.md)。 - 用户明确要求核查、审稿或复现审计时，再按其目的展示相应记录。 - 正文保留自然的图号／面板引用，以及真正影响具体判断的来源或材料限制。 ## 选择语言与模式 - 默认中文，未指定时直接开始，不反复询问；论文语言不改变默认。 - 明确英文时从证据直接写成自然学术英文，不先写中文再逐句翻译；明确双语时两种表述共用证据记录，数字、方向、否定和判断强度必须一致。细则见[模式与语言适配](references/reading-modes.md)。 - 默认完整精读；“速读／筛选／quick read”选速读；“只解析 Figure 3／讲解这个方法”选专题解析。 - 语言只改变表达，模式改变实际读取范围；两者都不降低范围内的证据标准。 - 用户表达足够明确就开始，不强制填写参数。 ## 参考文件加载 | 时机 | 读取 | |---|---| | 开始前 | [模式与语言适配](references/reading-modes.md)、[证据规则](references/evidence-rules.md) | | 识别研究设计后 | [研究检查点](references/study-checks.md) 中相关段落 | | 写报告时 | [报告模板](references/report-template.md) | | 处理文件、PDF 或图像时 | [材料处理与执行规则](references/material-handling.md) | | 有图任务 | [逐图阅读记录](references/reading-record.md) | ## 1. 确认身份与范围 - 输入可以是 PDF、DOI、链接、原文片段或二手解读；优先用户原文，只有标识或二手解析时才尝试获取可访问正文。 - 核对标题、DOI、来源版本；能访问官方记录时检查更正、更新或撤稿提示。文件日期不能证明更正已纳入，细则见证据规则的来源覆盖。 - 补充材料默认只用本次上传、论文同目录或用户指定目录中可确认属于该论文的本地文件；不遍历无关目录，没有附件时继续可完成的正文分析，只有用户明确要求补取才联网下载。执行细则见[材料处理](references/material-handling.md)。 - 完整精读对已有主图、补图及 Extended Data 逐张概览并联读完整图注；速读与专题可选图组，但必须包含所依赖的对照与验证。 - 补充表和数据文件按相关问题读取，不要求复算全部数据。 - 记录正文、Methods、图像、图注、补充材料、数据和代码的实际读取范围。 - PDF 区分文件页序与印刷页码；HTML 用真实小标题和图号。 - 身份不明且阻碍继续时才澄清；没有研究方向时给条件式适用场景。 - 仅有片段则交付有范围声明的暂定分析；缺材料不等于作者未做实验或论文质量低。